颜色在生物界中具有重要作用，如繁殖、伪装、通讯交流等。壳色多样性广泛分布在软体动物中，壳色也逐渐成为贝类育种关注的经济性状。硬壳蛤（Mercenaria mercenaria）是我国重要的池塘养殖贝类，在养殖群体中存在白色、杂色和红色个体，但控制壳色分离的遗传机制尚不清楚。

中国科学院海洋研究所张涛研究团队通过对不同壳色硬壳蛤外套膜转录组测序，以筛选控制壳色的候选基因。相关研究结果发表在《Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics》。

转录组测序共获得406,377条转录本和248,251条unigenes，N50长度分别为1365bp和1682bp。研究结果表明，红色和白色个体性状分化最大，具有最多的差异表达基因。聚类分析鉴定出363、392和220个基因分别在红色、白色和杂色中特异性高表达。对差异表达基因(DEGs)进行分类，发现与脂质结合转运、信号转导、ATP合成等过程相关的基因在红色和白色个体中存在显著性差异，可能参与红色壳的形成。信号转导相关基因，特别是G蛋白偶联受体活性基因在红色和杂色个体中存在显著差异；锌离子结合相关基因在白色和杂色个体中存在显著差异，表明G蛋白偶联受体活性基因和锌离子结合类基因在杂色壳的形成中具有重要作用。

研究结果为软体动物壳色的发生机制提供了新的见解，可用于未来硬壳蛤良种选育和分子标记辅助育种。

图1 不同壳色硬壳蛤

图2 转录组注释情况

图3 差异表达分析